对于常规的生物脱氮工艺，复合碳源应直接投加在缺氧段，并通过缺氧段内的搅拌器与进水及混合液充分混合，需防止水流剧烈紊流导致CH₃OH/CH₄O挥发至空气，也应防止因多余的氧气存在造成部分复合碳源被细菌好氧呼吸消耗。
如果污水厂采用四阶段或五阶段活性污泥工艺，在后续的缺氧段（第二缺氧段） 投加碳源可以获得比内源呼吸更高的反硝化速率；对于三级反硝化系统，如反硝化滤池、反硝化好氧生物滤池等， 则补充碳源对于系统的运行非常重要。
因为反硝化过程在主体曝气工艺的下游，进水中的所有溶解性BOD都已经被去除，所以复合碳源通常投加于反硝化进水中。
复合碳源是针对反硝化细菌配套开发的，除含有挥发性脂肪酸，生物素外，还含有微生物生长因子和群体感应信号分子，反硝化细菌专一利用，脱氮效果高且稳定。在废水处理中群体感应信号分子能够调控细菌的多种生理生化功能(如脱氮基因表达、群游现象和生物膜的形成等),从而提高废水处理效率。该碳源基本适用于市场现有的反硝化脱氮异养菌株。同时其它非功能性微生物利用效果差，避免了碳源投加量大，污泥膨胀的风险。鉴于碳源是为了补充生物的营养，提高生物的活性，从而达到去除总氮的目的。
复合碳源含有多种营养元素，主要成分有：挥发性脂肪酸VFAS，天然微生物素PHA，多元醇，多类糖（3%-5%），微量元素和生长因子。 微生物的代谢途径包括常见的EMP途径（绝大多数微生物都有）、TCA途径（普遍有）、ED途径等。微生物利用碳源是由他自身具有的代谢过程相匹配的，不同的微生物，代谢途径不同，同种微生物也会有一种或多种代谢途径，每种途径的效率会不同。葡萄糖的代谢途径是糖酵解，像葡萄糖单一性碳源的代谢途径只有一种，使用过程中会出现让某种微生物大量繁殖而抑制了其他微生物的营养吸收,（葡萄糖易引起丝状菌大量繁殖）促进反硝化的同时,也可能会对其他菌的种类造成不好的影响，造成系统抗冲击能力下降。 选择复合碳源成分丰富，代谢途径多样化，包含TCA循环，糖酵解以及丝氨酸循环等多种代谢途径，能提升微生物活力和抗冲击力，能够很好的避免这些问题。生物利用率好，降低成本。复合碳源生产是通过生物发酵技术，生物利用率在95%以上，且对比葡萄糖等传统碳源要好一点，在达标的情况下，更能降低污水处理成本！
复合碳源是针对反硝化细菌研发，更易被生化污泥中的反硝化细菌利用，不易被丝状菌等引起污泥过度增长的微生物利用。对比葡萄糖污泥产量更低，可以降低污泥处理费用。 投加方便，降低人工成本 葡萄糖固体度低，投加程序复杂，相应增加人工成本，液体葡萄糖冬季易结晶影响脱氮效果，复合碳源液体，投加方便，使用过程中不需要人工配置，同时可以更好控制投加量，避免碳源浪费，复合碳源具有冰点低等特点无色度、不发酵、不胀气、不酸化、不水解 液体葡萄糖易发酵胀气，储存不当可能会造成罐体崩开，复合碳源不会出现发酵胀气情况，同时不会酸化、水解，不会对出水色度造成影响。